上海生科院充分发挥研究所的主渠道作用和科学家的主体作用,积极与国外大学、科研机构、国际组织和跨国公司开展合作,两百余项国际合作项目从外部争取到经费资助,项目涉及癌症、糖尿病、神经退疾病、禽流感、农作物研究等一系列重要课题,境外合作机构来自美国、德国、荷兰、瑞士等多个国家和地区。上海生科院科学家还积极参与多边科学研究计划,包括“国际水稻基因组测序计划”、“C4水稻”研究计划、欧盟框架计划、人类基因组单体型图谱国际合作计划 、亚太地区人群遗传多样性研究计划、整合花粉生物学研究协作网计划等。
    国际合作项目的实施进一步促进了上海生科院与国外机构之间形成优势互补,已有多个项目取得可喜成果。2015年,上海生科院新增国际合作项目10项,合作国家包括美国、加拿大、英国、荷兰、澳大利亚等,合同金额达1500万元。
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